Piyano derslerine 13 yaşında Prof. Nimet Karatekin'le başlayan Emre Şen, on yedi yaşında katıldığı İstanbul Mozart Yorum Yarışması'nda birincilik ödülü kazandı. Avusturya Kültür Ofisi'nce gönderildiği Salzburg Mozarteum Yaz Okulu'nda ünlü Polonyalı pedagog Andrej Jasinski ile çalıştı.

Sanatçı, Bilkent Üniversitesi'nde sürdürdüğü eğitiminin ardından 1995 yılında gittiği İtalya'da çalışmalarını Marcella Crudeli ile sürdürdü. 5. Roma Uluslararası Piyano Yarışması'nda kazandığı Birincilik Ödülü sayesinde Avrupa turnesi olanağı elde etti. Paris'te École Normale de Musique okulunun en üst seviyesi olan Diplôme Supérieur de Concertiste sınıfını birincilikle bitiren Emre Şen, iki yıl sonra bu sınıfın birincileri arasında yapılan seçmelerde Albert Roussel Komitesi tarafından yine birincilik ödülü aldı.

Eğitimine Amerika'da Oxana Yablonskaya ile devam eden piyanist, 1995 yılından bu yana birçok uluslararası yarışmaya ve konser etkinliklerine katıldı ve bir çok ödül kazandı.

2001 yılında BBC Filarmoni Orkestrası'nın, İş Bankası'nın etkinlikleri kapsamında düzenlediği yarışmada adaylar arasından seçilerek İstanbul'da BBC Filarmoni Orkestrası'yla Çaykovski'nin Birinci Piyano Konçertosu'nu seslendirmeye hak kazanan Şen, halen Bilkent Üniversitesi piyano bölümü koordinatorü olarak çalışmakta, yurtiçinde ve yurtdışında konserler vermeye devam etmektedir.